这个问题可能是由于多种因素引起的。在尝试修复之前，您可以检查以下几个问题：

1. Nginx是否正确地将请求转发到Flask应用程序？您可以通过在Flask中添加日志来验证请求是否到达应用程序。
2. Flask应用程序是否响应迟缓或耗时较长？您可以使用性能分析工具来分析代码并找出瓶颈。
3. Cloudflare是否限制了连接时间？您可以查看Cloudflare设置以查看是否有任何超时限制。

如果您已经确认了以上问题，并且客户端仍然出现524错误，则可以尝试以下方法来解决问题：

1. 增加Nginx超时时间：您可以将nginx超时时间设置为更长的时间（例如10分钟），以确保客户端有足够的时间来接收响应。请注意，如果服务器上没有任何可用资源，这只会导致更长的等待时间，因此需要根据实际情况进行权衡。
2. 优化Flask应用程序：您可以使用性能分析工具来找出Flask应用程序中的瓶颈，并尝试优化代码以提高性能。
3. 考虑使用CDN：使用CDN可以帮助减轻服务器的负载，并提高网站的响应速度，从而减少客户端出现524错误的机会。

希望这些建议可以帮助您解决问题。如果您需要更详细的帮助，可以提供更多关于您的架构和配置的信息。

您可以在Cloudflare的控制面板中找到超时限制设置。请按照以下步骤操作：

1. 登录到Cloudflare帐户并转到“网站”选项卡。
2. 选择您要查看设置的网站。
3. 转到“安全”选项卡，然后选择“防火墙”。
4. 向下滚动页面并找到“高级设置”部分。
5. 在“连接超时”和“读取时间”部分检查是否有任何超时设置。

如果发现有任何超时限制，请尝试将其更改为更长的时间，并测试以查看是否解决了问题。

如果您的Flask应用程序需要较长时间才能完成处理请求，那么您可以考虑将请求拆分为多个步骤，并返回部分响应以避免超时。此外，您可以尝试使用异步框架（例如Celery）来处理请求，并在后台运行任务。

另外，如果您已经将Nginx超时设置为3分钟，但仍然出现524错误，则可能是由于Cloudflare限制了连接时间。在这种情况下，您可以尝试将Cloudflare的超时限制设置为更长的时间。您可以按照以下步骤检查和更改Cloudflare的超时限制：

1. 登录到Cloudflare帐户并选择您要更改设置的网站。
2. 转到“安全”选项卡，然后选择“防火墙”。
3. 向下滚动页面并找到“高级设置”部分。
4. 在“连接超时”和“读取时间”部分检查是否有任何超时设置。
5. 将超时设置增加到更长的时间，并测试以查看是否解决了问题。

请注意，在增加Cloudflare的超时设置之前，您应该确保您的服务器有足够的资源来处理请求并返回响应。否则，您可能会遇到其他性能问题和服务器崩溃。